fbpx

Kako matematika pomaga pri razvoju novih zdravil

arhiv

Laboratorij za molekularno modeliranje na Kemijskem inštitutu nadgrajuje uspešni algoritem ProBiS. ProBiS je računalniški algoritem za razvoj zdravil, ki farmacevtom omogoča nove poglede na že…

Laboratorij za molekularno modeliranje na Kemijskem inštitutu nadgrajuje uspešni algoritem ProBiS.

ProBiS je računalniški algoritem za razvoj zdravil, ki farmacevtom omogoča nove poglede na že znane zadeve in lahko pomeni tudi bližnjico do novih zdravil. V laboratoriju za molekularno modeliranje na Kemijskem inštitutu v Ljubljani, kjer so razvili ProBis, pa v zvezi s tem še niso rekli zadnje besede.

»Začelo se je s čisto matematiko, nadaljevalo s kemijo in računalništvom, na koncu pa nas je vse skupaj privedlo v farmacijo,« pravi vodja laboratorija prof. dr. Dušanka Janežič. Algoritem omogoča raziskovalcem, da ugotovijo, kje na površini molekule se bo protein vezal z drugim proteinom. Ta vezavna oziroma receptorska mesta so za farmacevte še posebno zanimiva, ker so napačne vezave običajno vzrok bolezni. Če torej poznajo mesto vezave proteina, lahko z ustrezno učinkovino bodisi blokirajo bodisi omogočijo ustrezno kemijsko reakcijo.

Kaj zmore algoritem ProBiS

Vse skupaj je na računalniškem zaslonu, kjer so proteinska vezavna mesta obarvana z različnimi barvami, danes videti precej enostavno. Vendar pot do algoritma ProBiS ni bila lahka. »V bistvu je šlo za srečno naključje. S hrvaškimi kolegi sem leta 2007 napisala knjigo o grafih v kemiji. Ker so matematični pristopi pri grafih zelo uporabni tudi za reševanje problemov v farmaciji, so se odločili, da bodo naredili algoritem za izračun površine proteina. Ta je precej raznolika, ustreznega algoritma za določanje te površine pa ni bilo, zato se je kolega doc. dr. Janez Konc lotil dela. Farmacevte zanimajo lastnosti proteinov, kot so vezava vode, polarnost ipd. Na koncu nam je z algoritmom ProBiS (Protein Binding Sites) uspelo zajeti lokalno, globalno in strukturno prileganje proteinov.«

Vir: delo.si


Sledite nam